L’objectif de ce master 2 professionnel est de former des étudiants capables de développer et de mettre en œuvre des méthodes innovantes pour la détection et l’identification des microorganismes dans les domaines de la santé, de l’agro-alimentaire et de l’environnement.

Programme

UE1 : Vers le monde de l’entreprise (120h, 6 ECTS)

Matière 1 : Connaissance de l’entreprise

• L’entreprise : structure et législation

• La gestion de projet

• La propriété intellectuelle

• Les normes qualité et les réglementations applicables aux outils de diagnostic

• Le Marché du Diagnostic Microbiologique dans le monde

Matière 2 : Communication, projet personnel

• Le projet personnel de l’étudiant
• La construction d’un CV et la simulation d’entretiens

           Matière 3 : Anglais

UE2 : Les approches méthodologiques et instrumentation (60h, 6 ECTS)

• Méthodes de microbiologie classique (rappel)
• Amplification PCR qualitative et quantitative en temps réel, RT-PCR
• Techniques d’hybridation et biopuces
• Techniques de microscopie, traitement de l'image
• Electrophorèse en champs pulsés
• Techniques de séquençage (pyroséquençage, haut débit…)
• Validation de méthodes et plans d’expériences

UE3 : Les cibles d’identification des microorganismes (60h, 6 ECTS)

Matière 1 : Architecture des génomes microbiens

• Structure et évolution des génomes viraux
• Diversité, plasticité et évolution des génomes bactériens (génomique comparative, alignements de génomes, pan-genome…)
• Métagénomique

Matière 2 : Bio-statistiques

• Tests paramétriques, non paramétriques
• Test de T, analyse de variance (ANOVA)
• Régression

Matière 3 : Stratégies bioinformatiques en diagnostic

• Conception de sondes spécifiques
• Structure, organisation et évolution des génomes microbiens
• Evolution moléculaire : méthodes de reconstruction phylogénétique (parcimonie, distance, maximum de vraisemblance)
• Méthode de classification et d’analyses multivariées appliquées à l’analyse des résultats des méthodes de typage

UE4 : Les ateliers thématiques (60h, 3 ECTS)

Cette UE correspond à des études de faisabilité sur des sujets proposés par des industriels. Les étudiants définissent avec eux le cahier des charges et font une gestion de projets. les sujets proposés sont axés autour de 2 thèmes:

• Identification, typage de microorganismes pathogènes
• Analyse d’écosystèmes complexes

 

 

UE5 : Les Travaux pratiques à initiatives (120h, 9 ECTS)

3 grands thèmes seront abordés :

• Biopuces
• PCR quantitative en temps réel
• Fluorescence In Situ hybridization (FISH) et cytométrie de flux
• Temperature Gradient Gel Electrophoresis (TGGE)

  Stage en entreprise (6 mois minimum)

 

Compétences visées 

La formation vise à dispenser un enseignement scientifique et technologique se traduisant par :

• des compétences scientifiques spécifiques : structure, organisation et évolution des génomes microbiens (génomique comparative et fonctionnelle), virologie, pathogénie microbienne humaine, animale et végétale, écologie microbienne.
• des compétences techniques : Méthodologies et instrumentation : PCR sous toutes ses formes (quantitative en temps réel, ...), conception, fabrication et utilisation de biopuces (ADN, Protéines) à des fins de diagnostic, techniques d’électrophorèse (capillaire, en champs pulsés.... ), techniques de microscopie (épifluorescence, confocal à laser,…), cytométrie en flux (FACS), immunotechnologie (ELISA), techniques de miniaturisation et robotique (micro/nanosystèmes).
• des compétences transversales :  Bio-informatique (recherche dans les banques de données, analyse et comparaison de séquences, définition de sondes et d’amorces), outils bibliographiques, bio-statistiques (analyse statistique et interprétation de données expérimentales en biologie, validation de méthodes, numération), analyse d’images.
• des compétences socio-économiques et managériales : Organisation de l’entreprise, gestion de projet, propriété intellectuelle, réglementation des outils de diagnostic, le développement des technologies au sein de l’entreprise, le marché du diagnostic microbiologique dans le monde

Débouchés possibles

• Laboratoires des industries agro-alimentaire, pharmaceutique, cosmétique et environnementale, impliqués dans les domaines de la sécurité alimentaire, du contrôle qualité, de la traçabilité, des contrôles de stérilité, de l’eau et de l’environnement.
• Sociétés de service pour le contrôle microbiologique industriel ou le diagnostic clinique, vétérinaire ou végétal.
• Organismes de recherche interprofessionnels en agro-alimentaire : centre ou institut technique, CRITT.
• Entreprises assurant le développement de matériel utilisé en diagnostic moléculaire – Technico-commercial.
• Organismes certificateurs et cabinets d’expertises et de conseil, services de police scientifique.

 

Conditions d'inscription 

    Les étudiants titulaires d’un M1 et ayant acquis une solide formation en Microbiologie et Biologie Moléculaire peuvent s’inscrire. Le recrutement se fera sur dossier et éventuellement entretien individuel avec un jury composé d’enseignants et d’industriels. Outre le dossier scolaire, la motivation et le projet professionnel de l’étudiant seront plus précisément examinés. Une attention particulière sera portée aux candidats ayant fait un stage dans un laboratoire public ou en entreprise.